En investigación clínica, el término protocolo hace referencia al conjunto de información relativa a un estudio científico. Esta información incluye la justificación para llevar a cabo el estudio, así como su diseño, objetivos, métodos, procedimientos, tratamientos, duración y resultados esperados.
Los protocolos también contienen una declaración explicativa para los voluntarios, en un lenguaje sencillo y accesible, con la información principal sobre el estudio.
El término protocolo se ha introducido en la vida cotidiana de los médicos como sinónimo de guía de tratamiento. Las guías de tratamiento del cáncer son documentos que tienen como objetivo orientar y normalizar la gestión de determinadas enfermedades, y pueden incluir estrategias de cribado, diagnóstico, tratamiento y seguimiento.
En general, las guías de tratamiento se basan en la mejor información científica disponible procedente de investigaciones clínicas con resultados de gran impacto. La medicina practicada según la información científica sólida y guías de tratamiento se ha denominado medicina basada en la evidencia.